El software puede ser usado con el instrumento, o fuera del laboratorio. ACD NMR contiene una interface para dibujar estructuras químicas y esquemas de reacción. El curso completo esta editado en español dirigido para todos aquellos estudiantes e investigadores de habla hispana.
El curso describe las principales estrategias para procesar datos de RMN como:
Corrección de línea base
Suavizado (smoothing)
Integración
El software puede ser usado con el instrumento, o fuera del laboratorio. ACD NMR contiene una interface para dibujar estructuras químicas y esquemas de reacción. El curso completo esta editado en español dirigido para todos aquellos estudiantes e investigadores de habla hispana.
El curso describe las principales estrategias para procesar datos de RMN como:
Corrección de línea base
Suavizado (smoothing)
Integración
Cálculo de peso molecular promedio en número de un polímero
Cálculo del peso molecular Mw de un compuesto orgánico
Determinación de la conversión de reacción
Determinación de las constantes de acoplamiento (j)
Medición de distancias (pico a pico)
Remoción de señal de solvente
La interface de ChemSketch abarca estrategias tales como:
Dibujo estructuras químicas
Dibujo de esquemas de reacción
Exportación de objetos a distintas aplicaciones
Exportación de espectros a archivos tipo ASCII
Inserción de la estructura química en un espectro de 1H RMN
Asignación de picos del espectro a la estructura química
Así mismo, el curso expone una serie de consejos útiles para la edición de espectros RMN para su publicación en revistas científicas:
Inserción de un inset (zoom area) dentro del espectro
Crear un reporte semiformal
Crear un reporte formal con calidad para publicación científica
Vínculo a documentos:
ChemDraw para dibujo de estructuras químicas
Procesador de texto (Microsoft Office: word)
Edición de espectros de 13C NMR
El curso se complementa con una serie de recursos descargables: archivos ejecutables de 1H NMR y 13C NMR para practicar en tu computadora, libros en formato PDF para el soporte en la elucidación de estructuras químicas.
ACD/NMR es una gran aplicación para el procesado de los datos obtenidos por equipos de resonancia magnética nuclear. Es un paquete de software ideal para profesores y estudiantes (de último año de pregrado y de postgrado en química y afines) que realicen investigación; es una excelente plataforma para identificar los compuestos sintetizados o extraídos mediante RMN. ACD/NMR presenta una intuitiva interfaz, facilidad de uso y excelentes funcionalidades incluidas.
Es importante definir los objetivos y el alcance del curso para poder obtener una conclusión final. Con los objetivos en mente seremos consientes de nuestro avance y nuestro progreso.
En este apartado se encuentran una colección de recursos descargables para reforzar y complementar tu formación.
Los espectros de RMN que se muestran en el curso fueron obtenidos en un espectrómetro de resonancia magnética nuclear de la Casa Bruker de 300 MHz.
En esta lección expongo una breve reseña de mi trayectoria académica y de investigación, mis intereses profesionales y la experiencia que tengo en el uso de ACD/NMR para procesar datos de espectroscopia de RMN.
Es importante identificar las herramientas más básicas para comenzar a analizar un espectro de NMR. Se describen las herramientas primarias para comenzar a trabajar con un espectro.
El primer paso para comenzar analizar un espectro de NMR es conocer el proceso de importación de un archivo o varios dentro una nueva hoja de trabajo.
Para hacer una cuantificación o para una correcta integración de señal, es crucial hacer la corrección de línea base de un espectro. Esto permitirá tener mayor fiabilidad en cualquier cálculo además de que aportará mejor apariencia a los espectros.
ACD/NMR permite calcular el área bajo la curva de un pico, el proceso de integración. Este proceso permite realizar múltiples cálculos para hacer un análisis cuantitativo. El cálculo del peso molecular de compuestos poliméricos mediante espectroscopia de NMR es una de las importantes aplicaciones de la NMR.
La RMN es muy útil para determinar la estructura química de compuesto orgánicos, y como consecuencia el peso molecular. ACD/NMR permite realizar una integración de picos de una manera muy simple para determinar el peso molecular.
Mediante 1H-NMR es posible darle seguimiento al avance de una reacción de polimerización. Siempre y cuando se detecten señales independientes (que no se solapen una sobre la otra) para hacer la correcta integración de ambas señales. Al comparar el área de cada pico se obtiene el porcentaje de conversión de reacción.
ACD/NMR permite remover señales de solvente que provienen del sistema de reacción o del proceso de purificación de compuesto químicos. Este proceso de remoción no altera el espectro en absoluto.
ACD/NMR permite realizar un procesamiento de suavizado para reducir el ruido de señal, lo que permite tener espectros más estéticos.
Para identificar las señales de tipo satélite-carbon es crucial determinar la distancia que hay entre el pico principal y las señales satélite. ACD/NMR permite medir las distancias que hay entre dos picos dentro de un espectro.
Las constantes de acoplamiento nos revelan información acerca de la estructura química del compuesto químico que estamos estudiando. ACD/NMR nos permite extraer las constantes de acoplamiento de manera automática o manual de forma muy sencilla. La lección describe el proceso para obtener el valor de J de los multipletes de un espectro 1H-NMR de un compuesto químico.
El objetivo de esta lección es describir las principales herramientas de dibujo de estructuras químicas que se encuentran en el modo Structure.
El dibujo de estructuras químicas es crucial para la correcta interpretación de los espectro de NMR. ACD/NMR permite dibujar estructuras químicas con el estilo de los principales Journals Internacionales (ACS, RSC, Elsevier, etc). Así mismo, es posible exportar las estructuras dibujadas a la interface Processor, además de su exportación a otras aplicaciones, por ejemplo Microsoft Word.
ChemSketch contiene herramientas que son fáciles de usar y que permiten diseñar esquemas de reacción con calidad para su publicación en revistas científicas.
A partir de ChemSketch es posible exportar objetos (esquemas de reacción y estructuras químicas) a otras aplicaciones como por ejemplo Word, así como también guardar los archivos con extensión compatible para otro tipo de software de dibujo de estructuras químicas (ChemDraw, ISIS).
Para elucidar la estructura química de un compuesto es importante tener a la mano la "posible" estructura química que deseamos confirmar. ACD/NMR permite insertar la estructura química dentro de un espectro para tener una visualización de los dos objetos dentro de la misma hoja de trabajo.
Es importante exportar un espectro desde la aplicación ACD/NMR a un archivo de tipo ASCII. Esto permitirá poder hacer una gráfica de espectroscopia en otro software (Excel, Origin, Kaleida) de procesamiento de datos.
La asignación de picos (desplazamientos químicos) de un espectro 1H-NMR a su estructura química es el proceso más importante en la elucidación química. ACD/NMR permite asignar los picos a su estructura química de una manera muy sencilla. Previos conocimientos del compuesto químico en cuestión como el historial de síntesis, las condiciones de reacción o el catalizador son importantes para la asignación correcta.
Es posible asignar los picos (desplazamientos químicos) de un espectro a una estructura química de manera manual utilizando letras. Este proceso de asignación se realiza en ChemSketch. Aunque austero, el diseño final es realmente atractivo.
La presencia de un inset (ampliación en forma de recuadro) dentro de una gráfica permite apreciar información que a simple vista o con dificultad es legible. Un inset, simpre que lo requiera el espectro, complementa y refuerza la información que ofrece un espectro de NMR.
ACD/NMR permite crear reportes de trabajo en tres maneras distintas: a través de la interface de ChemSketch, exportarlo directamente a un archivo PDF o enviarlo para su impresión en papel. La presente lección expone las 3 formas distintas de crear un reporte de trabajo "semiformal", ya que el reporte generado no es presentable para su publicación en revistas científicas.
En la interface de ChemSketch es posible editar un espectro o una serie de espectros con la calidad para ser figura de un informe científico para su publicación en revistas internacionales. Se describe la metodología para crear un reporte formal de espectroscopia de 1H-NMR.
Es muy útil exportar objetos de ChemSketch a ChemDraw, un software editor de moléculas y estructuras químicas. Esto permite hacer una sobre-edición de algún espectro o de alguna estructura química. Quién tenga la aplicación de ChemDraw podrá editar la figura exportada.
Para crear un reporte formal generalmente se debe exportar el objeto creado en ChemSketch a un procesador de textos, el más utilizado es Microsoft Word. Igualmente para enviar un reporte técnico para su publicación en revistas científicas, Word es el preferido. Es posible re-editar los objetos desde Word siempre y cuando las aplicaciones ChemSketch y ChemDraw, respectivamente, estén instaladas en la computadora
ACD/NMR procesa espectros que corresponden a otros núcleos tales como 19F, 31P ó 13C. Esta lección describe de manera general el procesamiento y edición de espectros de 13C. El procesamiento y edición comprende los mismos pasos que para espectros 1H-NMR.
Agradezco tu valiosa participación en el curso de ACD/NMR, espero que hayas aprendido cosas interesantes que fortalezcan tus investigaciones. Me gustaría que te felicitaras a tí mismo por atreverte a emprender nuevos conocimientos. Te recuerdo que estaré disponible para atender cualquier duda que pueda surgir tratando de responder a la brevedad posible. Gracias nuevamente, y hasta la próxima.
Sinceramente
Ernesto Tinajero Díaz, PhD
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