Structural Bioinformatics from Udemy

What's inside

Learning objectives

Gain knowledge about structural bioinformatics
Learn about protein structure, function and its relevance in drug discovery

Get familiar with computer aided drug design
Apply what you learn through practical cases

Gain knowledge about structural bioinformatics
Learn about protein structure, function and its relevance in drug discovery
Get familiar with computer aided drug design
Apply what you learn through practical cases

Syllabus

Visualize your protein_Part 2

Introduction

Course Preview

Learn what is structural bioinformatics. Get familiar with its applications and the reasons for studying protein 3D structure.

Get to know definition of drug target, its properties and concept of druggability. Learn the role of structural bioinformatics in drug discovery process.

Introduction about protein versatility in structure and function. Learn about the protein building block, the 20 different amino acids and the levels of protein structure.

Outline of the steps that would be covered in the course.

Start thinking about your project and which approach you would follow.

Traffic lights

Read about what's good

what should give you pause

and possible dealbreakers

Explores molecular docking and virtual screening, which are essential techniques in modern drug discovery and development pipelines

Provides hands-on experience with computational tools and software, which are used in structural bioinformatics analysis and research

Examines protein-ligand interactions, which are crucial for understanding drug binding and designing effective therapeutics

Requires learners to download and install software, which may require specific operating systems or hardware configurations

Covers homology modeling, which is a widely used technique for predicting protein structures based on sequence similarity

Reviews summary

أساسيات المعلوماتية الحيوية الهيكلية وتطبيقاتها

يقول المتعلمون أن دورة "المعلوماتية الحيوية الهيكلية" تقدم محتوى شاملاً وقيمًا للغاية، لا سيما في مجالات اكتشاف الأدوية والرسو الجزيئي والمحاكاة الديناميكية. يجد العديد أن الشروحات النظرية واضحة جدًا وأنها تبني أساسًا متينًا. التطبيقات العملية ودراسات الحالة تحظى بتقدير كبير لمساعدتها في فهم المفاهيم وتطبيقها. ومع ذلك، يشير عدد من الطلاب إلى أن الجزء العملي المتعلق بالأدوات والبرامج قد يكون صعبًا، ويتطلب في بعض الأحيان معرفة مسبقة أو جهداً إضافيًا في الإعداد واستكشاف الأخطاء وإصلاحها. يجد البعض وتيرة الدورة سريعة للمبتدئين. بشكل عام، هي دورة مفيدة وتستحق الجهد لمن لديهم بعض الخلفية التقنية أو الاستعداد للتغلب على تحديات البرمجيات.

تقدم الدورة مزيجاً جيداً من الجانبين.

"A solid introduction to the topic. The theoretical parts were well explained, though sometimes the practical sessions assumed a bit too much..."

"One of the best courses I've taken... It balances theory and practice well."

"المحتوى النظري كان قويًا والتمارين العملية ساعدت على ترسيخ الفهم."

تغطي الدورة مواضيع مهمة وذات صلة.

"This course was fantastic! It provided a comprehensive overview of structural bioinformatics and its applications in drug discovery."

"Excellent content, very relevant to current research and industry. The molecular docking and dynamics sections were particularly strong."

"One of the best courses I've taken on this platform... The topics on virtual screening and protein-ligand interaction were very insightful."

"لقد وجدت المحتوى غنيًا بالمعلومات ومفيدًا للغاية لمجال عملي."

قد تكون الوتيرة سريعة لمن ليس لديهم خلفية.

"The course covers important topics but the pace is very fast. As a beginner, I struggled to keep up..."

"It feels like it's designed for people already familiar with the software and concepts. Needed external resources constantly."

"شعرت أن الدورة تفترض أنك تعرف بالفعل كيفية استخدام برامج المعلوماتية الحيوية الأساسية."

يواجه بعض الطلاب تحديات في إعداد البرامج.

"...sometimes the practical sessions assumed a bit too much prior knowledge with the software. I had to spend extra time figuring out the tools."

"Practical parts are useful but setting up the environment and getting the software to work was a major hurdle. This needs clearer instructions or support."

"واجهت صعوبة كبيرة في تثبيت وتشغيل البرامج المطلوبة."

"واجهت مشاكل في تشغيل بعض البرامج المطلوبة في التمارين العملية."

Activities

Be better prepared before your course. Deepen your understanding during and after it. Supplement your coursework and achieve mastery of the topics covered in Structural Bioinformatics with these activities:

تجميع قائمة بأدوات وبرامج المعلوماتية الحيوية الهيكلية

Show steps

تجميع قائمة شاملة بأدوات وبرامج المعلوماتية الحيوية الهيكلية لإنشاء مورد مرجعي.

Show steps

ابحث عن أدوات وبرامج المعلوماتية الحيوية الهيكلية المختلفة.
قم بتصنيف الأدوات والبرامج حسب الوظيفة (مثل التصور، والنمذجة، والإرساء).
قم بتضمين وصف موجز لكل أداة أو برنامج.

مراجعة كتاب: 'المدخل إلى المعلوماتية الحيوية الهيكلية'

Show steps

يوفر قراءة هذا الكتاب أساسًا قويًا في المفاهيم الأساسية للمعلوماتية الحيوية الهيكلية، مما يكمل المواد الدراسية.

View Melania on Amazon

Show steps

اقرأ الفصول المتعلقة ببنية البروتين وقواعد البيانات الهيكلية وتصميم الأدوية.
دوّن ملاحظات حول المفاهيم الأساسية والتقنيات.
أجب عن أسئلة المراجعة في نهاية كل فصل.

تدرب على الإرساء الجزيئي باستخدام برامج مختلفة

Show steps

تحسين مهارات الإرساء الجزيئي من خلال التدرب على برامج مختلفة مثل AutoDock Vina و GOLD.

Show steps

قم بتنزيل وتثبيت برامج الإرساء الجزيئي.
اختر بروتينًا ورابطًا للتدرب على الإرساء.
قم بتشغيل الإرساء الجزيئي وتحليل النتائج.
قارن النتائج من برامج مختلفة.

Three other activities

Expand to see all activities and additional details

Show all six activities

إنشاء عرض تقديمي حول تفاعلات البروتين-الرابط

Show steps

تعزيز فهم تفاعلات البروتين-الرابط من خلال إنشاء عرض تقديمي يوضح المبادئ الأساسية وتطبيقاتها في اكتشاف الأدوية.

Show steps

ابحث عن تفاعلات البروتين-الرابط وأنواعها المختلفة.
قم بإعداد شرائح العرض التقديمي مع الرسوم البيانية والتفسيرات.
تدرب على العرض التقديمي لضمان الوضوح والإيجاز.

مشروع: التنبؤ ببنية البروتين باستخدام النمذجة المتماثلة

Show steps

تطبيق المعرفة المكتسبة في الدورة التدريبية من خلال التنبؤ ببنية بروتين معين باستخدام تقنيات النمذجة المتماثلة.

Show steps

اختر بروتينًا مستهدفًا له تسلسل معروف ولكن بنية غير معروفة.
ابحث عن قوالب هيكلية مماثلة في قواعد البيانات مثل PDB.
قم بمحاذاة تسلسل الهدف مع القوالب المختارة.
قم ببناء نموذج ثلاثي الأبعاد باستخدام برنامج النمذجة المتماثلة.
قم بتقييم وتحسين جودة النموذج.

مراجعة كتاب: 'اكتشاف الأدوية المعتمد على البنية'

Show steps

يوفر قراءة هذا الكتاب فهمًا أعمق لعملية اكتشاف الأدوية المعتمدة على البنية، مما يكمل المواد الدراسية.

View Melania on Amazon

Show steps

اقرأ الفصول المتعلقة بالإرساء الجزيئي والمسح الظاهري وتحسين الرصاص.
دوّن ملاحظات حول المفاهيم الأساسية والتقنيات.
أجب عن أسئلة المراجعة في نهاية كل فصل.

Career center

Learners who complete Structural Bioinformatics will develop knowledge and skills that may be useful to these careers:

عالم البروتينات

يدرس علماء البروتينات بنية ووظيفة البروتينات، وهي الجزيئات العاملة الرئيسية في الخلايا الحية. إنهم يستخدمون مجموعة متنوعة من التقنيات البيوكيميائية والفيزيائية الحيوية لدراسة البروتينات على المستوى الذري وتحديد كيفية قيامها بوظائفها. بالنسبة لعلماء البروتينات، توفر هذه الدورة أساسًا متينًا في المبادئ والتقنيات المستخدمة لدراسة وتشكيل الهياكل ثلاثية الأبعاد للبروتينات. كما أنها تساعد في الحصول على خبرة عملية في استخدام الأدوات والبرامج الحسابية المتطورة المستخدمة في تحليل المعلوماتية الحيوية الهيكلية.

See salaries and explore the career path for عالم البروتينات

مصمم أدوية حسابي

يعمل مصممو الأدوية الحاسوبيون على تسريع اكتشاف الأدوية من خلال استخدام أساليب حسابية لنمذجة وتصميم المرشحين المحتملين للأدوية. تساعد هذه الأساليب على تقليل الوقت والتكلفة المرتبطة تقليديًا بتطوير الأدوية. تساعد هذه الدورة مصمم الأدوية الحاسوبي في التنبؤ ببنية البروتين، والفحص الافتراضي للجزيئات الصغيرة، وتحليل تفاعلات البروتين مع الربيطة. يكتسب الطلاب خبرة عملية في استخدام الأدوات والبرامج الحسابية المتطورة، مما يمكنهم من المساهمة بشكل فعال في عملية اكتشاف الأدوية.

See salaries and explore the career path for مصمم أدوية حسابي

أخصائي المعلوماتية الحيوية

يقوم متخصصو المعلوماتية الحيوية بتطوير وتنفيذ طرق حسابية لتحليل البيانات البيولوجية، بما في ذلك البيانات الجينومية والبروتيومية والتركيبية. إنهم يعملون بشكل وثيق مع علماء الأحياء لتحديد الأهداف الدوائية المحتملة وتطوير علاجات شخصية للأمراض. بالنسبة لأخصائيي المعلوماتية الحيوية، تعد هذه الدورة مفيدة في اكتساب خبرة عملية مع الأدوات والبرامج الحسابية المتطورة المستخدمة في تحليل المعلوماتية الحيوية الهيكلية. إنهم يتعلمون كيفية التنقل عبر قواعد البيانات الهيكلية الرئيسية لاسترداد وتحليل الهياكل المحددة تجريبيًا.

See salaries and explore the career path for أخصائي المعلوماتية الحيوية

عالم الأحياء الحسابي

يستخدم علماء الأحياء الحسابيون مناهج رياضية وحسابية لنمذجة وتحليل الأنظمة البيولوجية. إنهم يعملون بشكل وثيق مع علماء الأحياء التجريبيين لتطوير نماذج تتنبأ بسلوك الأنظمة البيولوجية وتحديد الأهداف الجديدة للبحث. من خلال هذه الدورة، يمكن لعلماء الأحياء الحسابيين اكتساب خبرة عملية في استخدام الأدوات والبرامج الحسابية المتطورة المستخدمة في تحليل المعلوماتية الحيوية الهيكلية. كما أنها تساعد في فهم المبادئ التي تحكم ربط البروتين بالربيطة واستكشاف طرق التنبؤ بهذه التفاعلات وتحليلها.

See salaries and explore the career path for عالم الأحياء الحسابي

عالم بيولوجيا هيكلية

يساهم عالم الأحياء الهيكلي في فهم العلاقات المعقدة بين بنية الجزيئات الحيوية ووظائفها. هذا المجال متعدد التخصصات يجمع بين علم الأحياء والكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية وعلوم الكمبيوتر لكشف الأسرار المخفية داخل الهندسة المعمارية الجزيئية للحياة. من خلال الاستفادة من المعرفة المكتسبة من هذه الدورة، يمكن لعالم الأحياء الهيكلي أن يتقن تصور البروتين، والتنبؤ بالبنية، والفحص الافتراضي، وتحليل تفاعل البروتين مع الربيطة. تزود هذه الدورة الراغبين في هذا المجال بالأدوات الحسابية المتطورة وتعمق فهم دواخل الطيات البروتينية.

See salaries and explore the career path for عالم بيولوجيا هيكلية

عالم تصميم الأدوية

يستخدم علماء تصميم الأدوية مبادئ الكيمياء والبيولوجيا لابتكار وتطوير مركبات علاجية جديدة. غالبًا ما يتعاونون مع فرق متعددة التخصصات لتحسين خصائص الأدوية وتحديد الفعالية المحتملة للأدوية. سيجد عالم تصميم الأدوية أن هذه الدورة تساعد في تطوير فهم متعمق للعلاقة المعقدة بين بنية ووظيفة الجزيئات الكبيرة البيولوجية. تتيح دراسات الحالة التفصيلية في اكتشاف الأدوية وتطويرها لعلماء تصميم الأدوية لتسريع التعرف على الأهداف الدوائية وتصميم علاجات جديدة.

See salaries and explore the career path for عالم تصميم الأدوية

عالم اكتشاف الأدوية

يقود علماء اكتشاف الأدوية جهود تحديد وتقييم المرشحين المحتملين للأدوية. إنهم يستخدمون مجموعة متنوعة من الأساليب التجريبية والحسابية لرؤية رؤى جديدة حول الآليات البيولوجية وتطوير علاجات جديدة للأمراض. تساعد هذه الدورة عالم اكتشاف الأدوية على فهم العلاقة المعقدة بين التركيب والوظيفة في الجزيئات الكبيرة البيولوجية. من خلال دراسة دراسات حالة في اكتشاف الأدوية وتطويرها، يمكن لعلماء اكتشاف الأدوية تطبيق ما تعلموه لتسريع تحديد الأهداف الدوائية وتصميم علاجات جديدة.

See salaries and explore the career path for عالم اكتشاف الأدوية

كيميائي طبي

يعمل الكيميائيون الطبيون على تصميم وتخليق وتقييم الأدوية المحتملة. إنهم يستخدمون معرفتهم بالكيمياء والبيولوجيا لتحسين خصائص الأدوية وتحديد الفعالية المحتملة للأدوية. تلعب المعلوماتية الحيوية الهيكلية دورًا حاسمًا في الكيمياء الطبية من خلال توفير رؤى حول الأهداف الدوائية وتفاعلات الربيطة بالبروتين. يجب على الكيميائيين الطبيين أصحاب الخبرة في هذا المجال البحث عن التوظيف في شركات الأدوية ومؤسسات البحوث الحكومية والأوساط الأكاديمية. يمكن للكيميائي الطبي اكتساب الخبرة العملية القيمة في استخدام الأدوات والبرامج الحسابية المتطورة التي يشملها هذا المجال، وبالتالي تقديم مساهمات قيمة في مشاريع اكتشاف الأدوية.

See salaries and explore the career path for كيميائي طبي

كيميائي معلوماتي

يعمل الكيميائيون المعلوماتيون على تقاطع الكيمياء وعلوم الكمبيوتر، ويطبقون مناهج حسابية ومعلوماتية لحل المشكلات الكيميائية. غالبًا ما يشاركون في تصميم الأدوية واكتشافها، وتطوير المواد، وتحليل البيانات الكيميائية. بالنسبة للكيميائي المعلوماتي، تساعد هذه الدورة في اكتساب المعرفة الأساسية حول أهمية البروتينات كهدف دوائي وأهمية تحليل هيكلها. تساعد هذه الدورة الكيميائيين المعلوماتيين على فهم مبادئ الإرساء الجزيئي والفحص الافتراضي.

See salaries and explore the career path for كيميائي معلوماتي

أخصائي تصميم الأدوية

يستخدم أخصائيو تصميم الأدوية مبادئ الكيمياء والبيولوجيا والكيمياء الدوائية لتصميم وتطوير الأدوية الجديدة. إنهم يعملون مع فرق متعددة التخصصات لتحديد الأهداف الدوائية المحتملة، وفحص المركبات الكيميائية للعثور على الأدوية الرائدة المحتملة، وتحسين خصائص الأدوية وتحسينها ليتمكنوا من إحضارها إلى السوق. يكتسب أخصائيو تصميم الأدوية المعرفة حول تصور البروتين وبناء النماذج المتجانسة والإرساء الجزيئي والفحص الافتراضي، مما يتيح لهم المساهمة بفعالية في مشاريع اكتشاف الأدوية.

See salaries and explore the career path for أخصائي تصميم الأدوية

مطور برمجيات المعلوماتية الحيوية

يقوم مطورو برامج المعلوماتية الحيوية بإنشاء الأدوات والبرامج الحسابية المستخدمة في تحليل البيانات البيولوجية وتفسيرها. إنهم يعملون بشكل وثيق مع علماء الأحياء لإنشاء حلول برمجية مخصصة تلبي احتياجاتهم البحثية الخاصة. يمكن لمطوري برامج المعلوماتية الحيوية المشاركة في مشاريع واسعة النطاق، مثل تطوير الخوارزميات للوصول إلى المعلومات ذات الصلة من قواعد البيانات أو إجراء فحوصات الجودة. هذه الدورة مفيدة لأن مطوري برامج المعلوماتية الحيوية يكتسبون فهمًا لمفاهيم المعلوماتية الحيوية الهيكلية، مثل تصور البروتين والتنبؤ بالهيكل والتحقق من صحة النموذج.

See salaries and explore the career path for مطور برمجيات المعلوماتية الحيوية

عالم بيولوجيا الأنظمة

يدرس علماء بيولوجيا الأنظمة التفاعلات المعقدة بين المكونات البيولوجية داخل الأنظمة الحية. إنهم يستخدمون مناهج حسابية ونمذجة لفهم سلوك هذه الأنظمة وتوقع كيفية استجابتها للتغيرات في البيئة. بالنسبة لعلماء بيولوجيا الأنظمة، تساعد هذه الدورة في الحصول على فهم متعمق للعلاقة المعقدة بين بنية ووظيفة الجزيئات الكبيرة البيولوجية. إنهم يتعلمون حول الطبيعة الديناميكية للجزيئات الحيوية من خلال عمليات المحاكاة الديناميكية الجزيئية وفهم مبادئ التغيرات المطابقة.

See salaries and explore the career path for عالم بيولوجيا الأنظمة

باحث سريري

يقوم الباحثون السريريون بإجراء الدراسات السريرية لتقييم سلامة وفعالية العلاجات الطبية الجديدة. إنهم يعملون بشكل وثيق مع الأطباء والمرضى لجمع وتحليل البيانات وتحديد ما إذا كان العلاج الجديد آمنًا وفعالًا. قد يكون هذا المساق مساعدة للباحثين السريريين في اكتساب فهم متعمق للعلاقة المعقدة بين بنية ووظيفة الجزيئات الكبيرة البيولوجية. ومن خلال دراسة دراسات الحالة في اكتشاف الأدوية وتطويرها، يمكن للباحثين السريريين تطبيق ما تعلموه لاتخاذ قرارات مستنيرة بشأن تطوير العلاجات الجديدة.

See salaries and explore the career path for باحث سريري

فني مختبر البحوث

يقدم فنيو مختبر الأبحاث دعمًا أساسيًا للباحثين في مجموعة متنوعة من الإعدادات العلمية. إنهم يساعدون في إجراء التجارب وتحليل البيانات وصيانة المعدات المعملية. تعد هذه الدورة مفيدة لفنيي مختبرات الأبحاث الذين يرغبون في الحصول على فهم أفضل للمبادئ والتقنيات المستخدمة في تحليل المعلوماتية الحيوية الهيكلية. تعد هذه الدورة مفيدة في أنها تمكنهم من المساعدة بشكل أكثر فعالية في مشاريع البحث التي تتضمن دراسة بنية ووظيفة الجزيئات الكبيرة البيولوجية.

See salaries and explore the career path for فني مختبر البحوث

عالم الأحياء الجزيئية

يدرس علماء الأحياء الجزيئية الهياكل والوظائف البيولوجية على المستوى الجزيئي. ويتضمن ذلك دراسة التفاعلات بين الحمض النووي الريبوزي المنزوع الأكسجين والحمض النووي الريبوزي والبروتينات والمسارات البيوكيميائية. يستخدم علماء الأحياء الجزيئية هذه المعرفة لتطوير علاجات جديدة للأمراض، وتحسين المحاصيل الزراعية، وحل المشاكل البيئية. يمكن لعلماء الأحياء الجزيئية اكتساب المعرفة الأساسية حول أهمية البروتينات كهدف دوائي وأهمية تحليل هيكلها.

See salaries and explore the career path for عالم الأحياء الجزيئية

Reading list

We've selected one books that we think will supplement your learning. Use these to develop background knowledge, enrich your coursework, and gain a deeper understanding of the topics covered in Structural Bioinformatics.

Structural Bioinformatics

What's inside

Learning objectives

Syllabus

Traffic lights

Save this course

Reviews summary

أساسيات المعلوماتية الحيوية الهيكلية وتطبيقاتها

Activities

Career center

Reading list

Share

Similar courses