HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS from Udemy

What's inside

Learning objectives

Buscar información y descargar datos en las principales bases de datos biológicas (ncbi, genbank, ebi, ena, uniprot, pdb, ensembl, magnify ...)
Manejar herramientas computacionales para el estudio de datos genómicos y proteómicos (blast, ugene, emboss, genscan, galaxy, blast2go, igv, dotlet, mega, muscle ...)

Utilizar lenguajes de programación para el manejo de secuencias y archivos biológicos (python, bash).

Buscar información y descargar datos en las principales bases de datos biológicas (ncbi, genbank, ebi, ena, uniprot, pdb, ensembl, magnify ...)
Manejar herramientas computacionales para el estudio de datos genómicos y proteómicos (blast, ugene, emboss, genscan, galaxy, blast2go, igv, dotlet, mega, muscle ...)
Utilizar lenguajes de programación para el manejo de secuencias y archivos biológicos (python, bash).

Syllabus

INTRODUCCIÓN. BASES DE DATOS BIOLÓGICAS

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Conocer los tipos de bases de datos biológicas.
Conocer el funcionamiento básico de algunas bases de datos biológicas, como el ENA o PubMed.
Realizar búsquedas sencillas en dichas bases de datos utilizando distintos tipos de filtros.
Interpretar los resultados obtenidos de dichas búsquedas.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Conocer el avance en los sistemas de secuenciación como herramienta fundamental en el desarrollo de la bioinformática.
Conocer el funcionamiento básico de los principales sistemas de secuenciación NGS.
Comprender el proceso general de ensamblaje de novo.
Familiarizarse con el manejo de algunos programas utilizados en el ensamblado secuencias.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Conocer el concepto de anotación de secuencias biológicas.
Relacionar la presencia de algunas regiones conservadas con la utilización de métodos predictivos.
Aprender a manejar diferentes programas informáticos para la predicción y anotación funcional de secuencias.
Saber interpretar los resultados obtenidos.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Conocer las características del navegador genómico Ensembl.
Aprender a buscar en Ensembl información sobre los genomas de distintos organismos.
Aprender a utilizar el navegador para moverse a través de los cromosomas.
Aprender a buscar y descargar información sobre los genes de distintas especies.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Aprender a buscar secuencias de nucleótidos con el buscador del NCBI.
Aprender a buscar genes en las bases de datos del NCBI.
Interpretar los resultados obtenidos.
Conocer el manejo de un visor de secuencias.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Conocer los diferentes tipos de estructura de las proteínas.
Relacionar la estructura de las proteínas con su función.
Aprender a buscar información en las bases de datos de proteínas.
Utilizar herramientas de predicción de estructuras de proteínas.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Comprender la importancia del alineamiento de pares de secuencias para el trabajo en bioinformática.
Diferenciar entre alineamientos globales y alineamientos locales.
Conocer los principales algoritmos de alineamiento de pares de secuencias.
Manejar los principales programas informáticos para el alineamiento de pares de secuencias.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Entender el funcionamiento del algoritmo BLAST.
Comprender las aplicaciones de la herramienta BLAST para resolver problemas biológicos.
Familiarizarse con el manejo de BLAST ajustando sus diferentes parámetros para conseguir mejores resultados.
Conocer el funcionamiento de la herramienta BLAST en algunas de sus variantes.
Realizar BLAST sencillos a partir de secuencias de proteínas en distintos portales bioinformáticos.
Interpretar los resultados obtenidos de dichas búsquedas.

OBJETIVOS DE LA SECCIÓN

Comprender los fundamentos generales del alineamiento múltiple de secuencias.
Conocer los distintos métodos empleados para su implementación.
Conocer las utilidades de los MSA.
Aprender el manejo de distintos programas para la realización de MSA.

Traffic lights

Read about what's good

what should give you pause

and possible dealbreakers

Explores a wide variety of bioinformatics databases and programs, providing a practical overview for those seeking to expand their knowledge

Covers the basics of programming, enabling learners to create custom tools for solving specific problems, which is useful for research and development

Includes video demonstrations of how to use the tools, which can help learners grasp the practical applications of bioinformatics concepts

Features hands-on exercises using freely available online tools, allowing learners to immediately apply what they learn and build a portfolio

Uses Python and Bash, which are standard languages for handling biological sequences and files, and are widely used in bioinformatics pipelines

Teaches the use of UGENE, EMBOSS, and GALAXY, which may require learners to download and install software on their local machines

Reviews summary

Curso práctico en herramientas bioinformáticas esenciales

Según los estudiantes, este curso ofrece una sólida base práctica en el uso de herramientas y bases de datos bioinformáticas fundamentales. Es particularmente útil para quienes se inician en el campo, proporcionando una visión general de temas como la búsqueda de datos, el alineamiento de secuencias y el uso de programas clave como BLAST o UGENE. Muchos destacan la claridad de las explicaciones teóricas y las demostraciones prácticas paso a paso. Si bien cubre una amplia gama de temas, algunos mencionan que la profundidad en ciertos aspectos, como la programación o temas más avanzados, podría ser mayor. Las correcciones de prácticas y la interacción con el instructor son vistas como puntos fuertes, aunque algunos señalan que las evaluaciones tipo test son relativamente simples. En general, se considera un buen punto de partida, aunque puede requerir estudio adicional para especializarse.

Cubre muchas áreas y herramientas importantes.

"El curso toca muchos palos: bases de datos, alineamientos, predicción, NGS... te da una idea general muy completa."

"La variedad de herramientas presentadas es impresionante, desde NCBI hasta programas de alineamiento."

"Abarca los temas esenciales para empezar a trabajar en el campo."

"Me gustó que se viera tanto la teoría como la práctica de diversas áreas."

Explicaciones claras y apoyo efectivo.

"El instructor es muy bueno explicando y sus demostraciones son fáciles de seguir."

"Las correcciones en vídeo son un plus, se nota que se toma el tiempo."

"Tuve una duda y el instructor respondió rápidamente y de forma útil."

"Se agradece la interacción directa para resolver problemas específicos."

Ideal para quienes se inician en bioinformática.

"Soy nuevo en bioinformática y este curso me dio una excelente introducción a los conceptos y herramientas."

"El instructor explica de manera clara, haciendo que temas complejos sean accesibles para novatos."

"Empecé sin saber nada de bioinformática y ahora me siento capaz de realizar búsquedas y análisis básicos."

"El curso está bien estructurado para seguir el ritmo si eres principiante."

Curso muy orientado al uso de herramientas reales.

"Lo mejor del curso es el enfoque práctico. Aprendes a usar las bases de datos y programas que realmente se usan en el día a día bioinformático."

"Las demostraciones prácticas son muy útiles para ver cómo funcionan las herramientas."

"Pude aplicar inmediatamente lo aprendido en mis propios proyectos."

"Me gustó mucho la parte de aprender a manejar los navegadores genómicos y las bases de datos principales."

Cuestionarios no muy desafiantes.

"Los cuestionarios son bastante sencillos, no evalúan la comprensión profunda de los temas."

"Las preguntas tipo test son memorísticas y no ponen a prueba la capacidad de aplicar las herramientas."

"Esperaba evaluaciones más enfocadas a resolver problemas prácticos."

"Las prácticas son buenas, pero la evaluación final es un poco floja."

Algunos temas podrían ser más detallados.

"La parte de programación es muy básica, apenas rasca la superficie."

"Me habría gustado más detalle en los métodos de análisis de datos NGS."

"Para alguien que ya tiene algo de base, algunas secciones pueden resultar demasiado introductorias."

"Siento que para dominar algunas herramientas se necesita más que lo visto aquí."

Activities

Be better prepared before your course. Deepen your understanding during and after it. Supplement your coursework and achieve mastery of the topics covered in HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS with these activities:

Repasar los fundamentos de la biología molecular

Show steps

Refrescar los conceptos básicos de biología molecular para comprender mejor las bases de datos y herramientas bioinformáticas que se utilizan en el curso.

Show steps

Revisar los apuntes de cursos anteriores de biología molecular.
Leer un capítulo introductorio de un libro de texto de biología molecular.
Realizar un cuestionario en línea sobre los conceptos básicos.

Revisar 'Bioinformática: Un Enfoque Práctico' de David W. Mount

Show steps

Proporcionar una base teórica sólida para comprender las herramientas bioinformáticas cubiertas en el curso.

View Maxima, un enfoque práctico (Spanish Edition) on Amazon

Show steps

Leer los capítulos relevantes sobre alineamiento de secuencias y análisis filogenético.
Resolver los ejercicios propuestos al final de cada capítulo.
Comparar los métodos descritos en el libro con las herramientas prácticas utilizadas en el curso.

Practicar búsquedas en bases de datos biológicas (NCBI, EBI)

Show steps

Familiarizarse con las principales bases de datos biológicas para mejorar la eficiencia en la búsqueda de información y descarga de datos.

Show steps

Realizar búsquedas de secuencias específicas utilizando diferentes filtros.
Descargar datos en diferentes formatos (FASTA, GenBank).
Comparar los resultados obtenidos en diferentes bases de datos.

Four other activities

Expand to see all activities and additional details

Show all seven activities

Leer 'Bioinformática para las Ciencias de la Vida' de Xavier Messeguer

Show steps

Ampliar la perspectiva sobre las aplicaciones de la bioinformática en diferentes campos de las ciencias de la vida.

View Melania on Amazon

Show steps

Seleccionar los capítulos relevantes para los temas cubiertos en el curso.
Tomar notas sobre las aplicaciones de la bioinformática en diferentes áreas.
Discutir los conceptos clave con otros estudiantes en un foro en línea.

Desarrollar un script en Python para analizar secuencias

Show steps

Aplicar los conocimientos de programación en Python para crear una herramienta bioinformática personalizada.

Show steps

Definir el objetivo del script (ej. calcular la frecuencia de nucleótidos).
Escribir el código en Python utilizando las bibliotecas adecuadas (ej. Biopython).
Probar el script con diferentes secuencias y validar los resultados.
Documentar el script y compartirlo con otros estudiantes.

Crear un tutorial en video sobre el uso de BLAST

Show steps

Profundizar en el conocimiento de BLAST y mejorar las habilidades de comunicación al explicar su funcionamiento a otros.

Show steps

Investigar a fondo el algoritmo BLAST y sus diferentes opciones.
Preparar un guion con ejemplos prácticos.
Grabar el video explicando los conceptos y demostrando el uso de la herramienta.
Editar el video y publicarlo en una plataforma de video (ej. YouTube).

Crear una guía de referencia rápida para herramientas bioinformáticas

Show steps

Consolidar el conocimiento de las herramientas bioinformáticas aprendidas en el curso y crear un recurso útil para futuras referencias.

Show steps

Seleccionar las herramientas bioinformáticas más importantes cubiertas en el curso.
Resumir la función, los parámetros clave y los ejemplos de uso de cada herramienta.
Organizar la información en un formato fácil de consultar (ej. tabla, lista).
Compartir la guía con otros estudiantes y recibir comentarios.

Career center

Learners who complete HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS will develop knowledge and skills that may be useful to these careers:

Bioinformático

Un bioinformático utiliza herramientas computacionales y conocimientos en biología para analizar grandes conjuntos de datos biológicos. Este curso, al ofrecer un recorrido práctico sobre una amplia variedad de bases de datos y programas bioinformáticos, sienta las bases para esta profesión. Conocerás bases de datos como NCBI, GENBANK y EBI, y programas como BLAST y UGENE. Además, el curso te brinda la oportunidad de aprender conceptos básicos de programación con PYTHON y BASH, lo que te permite fabricar tus propias herramientas para resolver problemas específicos. Por lo tanto, este curso es fundamental para aquellos que aspiran a convertirse en bioinformáticos.

See salaries and explore the career path for Bioinformático

Analista de Datos Genómicos

El analista de datos genómicos se encarga de examinar e interpretar datos genómicos para identificar patrones, variaciones y relaciones significativas. Este curso puede darte las habilidades necesarias para este rol, ya que se centra en el manejo de herramientas computacionales para el estudio de datos genómicos. Aprenderás a utilizar programas como BLAST y GALAXY, que son esenciales para el análisis de secuencias y la identificación de genes. La sección del curso sobre secuenciación NGS y ensamblaje de secuencias te proporcionará conocimientos en métodos de secuenciación y el formato FASTQ. El conocimiento adquirido en este curso te ayudará en tu trabajo como analista.

See salaries and explore the career path for Analista de Datos Genómicos

Científico de Datos Biológicos

Un científico de datos biológicos aplica técnicas de análisis de datos, estadística y aprendizaje automático a problemas biológicos. Este curso puede ser una base sólida para una carrera en ciencia de datos biológicos, ya que abarca una amplia variedad de bases de datos y programas bioinformáticos. El curso ofrece la oportunidad de aprender los conceptos básicos de programación en PYTHON y BASH, lo que te permitirá crear herramientas personalizadas para el análisis de datos. Además, el curso cubre temas como el alineamiento de secuencias y la anotación funcional de secuencias, que son relevantes para el análisis de datos biológicos. Una comprensión de la búsqueda de datos en NCBI, la base de datos GENBANK y la base de datos REFSEQ serán esenciales en tu trabajo como científico de datos biológicos.

See salaries and explore the career path for Científico de Datos Biológicos

Investigador en Genómica

Un investigador en genómica se dedica a estudiar la estructura, función, evolución y mapeo de los genomas. Este curso puede ayudarte a prepararte para esta carrera al proporcionarte una comprensión práctica de las herramientas y bases de datos bioinformáticas. Aprenderás a realizar búsquedas en bases de datos como NCBI, EBI y UNIPROT, así como a utilizar programas como BLAST y UGENE. La sección sobre anotación funcional de secuencias con BLAST2GO y PANNZER2 también puede ser valiosa. La capacidad de programar en PYTHON y BASH, que se cubre en el curso, te permitirá desarrollar tus propias herramientas para la investigación genómica. El curso te puede proporcionar una base sólida para convertirte en investigador.

See salaries and explore the career path for Investigador en Genómica

Especialista en Anotación Genómica

El especialista en anotación genómica se encarga de identificar y documentar las características y funciones de los genes y otras secuencias en un genoma. Este curso puede ser muy útil para este rol, ya que cubre en detalle el concepto de anotación de secuencias biológicas. Aprenderás a utilizar diferentes programas informáticos para la predicción de genes, como FPROM y GENSCAN, y a interpretar los resultados obtenidos. El curso también puede cubrir la anotación funcional de secuencias con BLAST2GO. El curso te permitirá adquirir las habilidades necesarias para realizar anotaciones genómicas precisas y completas. Esta anotación de expertos es de gran utilidad para biólogos y genetistas.

See salaries and explore the career path for Especialista en Anotación Genómica

Analista de Secuencias

Un analista de secuencias se dedica al estudio y análisis de secuencias de ADN, ARN y proteínas para identificar patrones, relaciones y funciones biológicas. Este curso te prepara para este rol al proporcionarte conocimientos sobre el alineamiento de secuencias. Aprenderás sobre el algoritmo BLAST y cómo utilizarlo para resolver problemas biológicos. También aprenderás sobre el alineamiento múltiple de secuencias y el manejo de programas como MUSCLE. Las prácticas con los programas NEEDLE y WATER (EMBOSS) pueden ser de gran utilidad, permitiéndote analizar secuencias con eficacia.

See salaries and explore the career path for Analista de Secuencias

Bioestadístico

Un bioestadístico aplica métodos estadísticos para analizar datos biológicos y de salud. Aunque este curso no se centra directamente en estadística, su enfoque en el manejo de datos biológicos y el aprendizaje de programación puede ser útil para un bioestadístico. El curso ofrece la oportunidad de aprender los conceptos básicos de programación en PYTHON y BASH, lo que te permitirá manipular y analizar grandes conjuntos de datos. Además, el conocimiento de bases de datos biológicas como NCBI y EBI, así como de herramientas como BLAST, puede ser valioso para un bioestadístico que trabaje en el ámbito genómico o proteómico.

See salaries and explore the career path for Bioestadístico

Especialista en Bases de Datos Biológicas

Un especialista en bases de datos biológicas se encarga de la gestión, mantenimiento y curación de bases de datos que contienen información biológica. Este curso cubre los tipos de bases de datos biológicas y su funcionamiento básico. Aprenderás a realizar búsquedas en bases de datos como ENA y PubMed, y a interpretar los resultados. La práctica en bases de datos biológicas te permitirá adquirir experiencia práctica en la búsqueda y gestión de información biológica. Una base sólida en este campo es de gran utilidad para científicos e investigadores de todo tipo.

See salaries and explore the career path for Especialista en Bases de Datos Biológicas

Científico de Proteómica

Un científico de proteómica se dedica al estudio de las proteínas, incluyendo su estructura, función e interacciones. Este curso puede ser útil para este rol, ya que cubre los diferentes tipos de estructura de las proteínas y cómo utilizar las bases de datos de proteínas. Aprenderás a buscar información en bases de datos como UNIPROT y PDB, y a utilizar herramientas de predicción de estructuras de proteínas. Los conceptos básicos sobre las proteínas y su relación con su función te ayudarán en tu investigación proteómica.

See salaries and explore the career path for Científico de Proteómica

Ingeniero Bioinformático

Un ingeniero bioinformático desarrolla software y herramientas para el análisis de datos biológicos. Este curso puede ser beneficioso para un ingeniero bioinformático, ya que ofrece la oportunidad de aprender los fundamentos de programación. Conocerás los lenguajes PYTHON y BASH, cruciales para el desarrollo de software bioinformático. Además, la familiaridad con bases de datos biológicas y herramientas de análisis como BLAST puede ser valiosa para el diseño y desarrollo de aplicaciones bioinformáticas. Este curso puede ayudarte a entender herramientas que te serán cruciales para el diseño de software.

See salaries and explore the career path for Ingeniero Bioinformático

Consultor Bioinformático

Un consultor bioinformático asesora a organizaciones sobre cómo utilizar la bioinformática para resolver problemas biológicos. Este curso puede ser útil para un consultor bioinformático, ya que proporciona una visión general de las herramientas y bases de datos bioinformáticas disponibles. El dominio de programas como BLAST y UGENE, la capacidad de programar en PYTHON y BASH, y el conocimiento de bases de datos como NCBI y EBI te permitirán asesorar a tus clientes sobre las mejores soluciones bioinformáticas para sus necesidades. Familiarizarte con los métodos de secuenciación puede ser de gran utilidad en este campo.

See salaries and explore the career path for Consultor Bioinformático

Técnico de Laboratorio de Biología Molecular

Si bien no es el foco principal, este curso puede complementar el trabajo de un técnico de laboratorio de biología molecular al proporcionar conocimientos sobre el análisis de datos generados en el laboratorio. La comprensión de bases de datos como GENBANK y el uso de herramientas como BLAST pueden ayudar al técnico a interpretar los resultados de experimentos y a diseñar nuevos experimentos de manera más eficiente. Familiarizarte con los métodos de secuenciación puede ser de gran utilidad en este campo.

See salaries and explore the career path for Técnico de Laboratorio de Biología Molecular

Representante de Ventas de Software Bioinformático

Este curso te puede ayudar a comprender mejor los productos que vendes y a comunicarte de manera más efectiva con los clientes. Ello se debe a que el curso presenta una visión general de las herramientas y bases de datos bioinformáticas. El conocimiento de programas como BLAST y UGENE, y la capacidad de entender las necesidades de los clientes en términos de análisis de datos biológicos te pueden ayudar a cerrar más ventas. Sin embargo, este curso está más enfocado a la utilización de herramientas que ha la comercialización de las mismas.

See salaries and explore the career path for Representante de Ventas de Software Bioinformático

Escritor científico

Un escritor científico redacta artículos, informes y otros documentos sobre temas científicos. El curso puede ser útil para un escritor científico especializado en biología o genómica, ya que proporciona una comprensión de las herramientas y bases de datos bioinformáticas utilizadas en la investigación. Este curso puede ayudarte a entender los resultados de investigaciones y a comunicarlos de manera clara y precisa. Una mejor comprensión de los sistemas estudiados puede conducir a un mejor trabajo.

See salaries and explore the career path for Escritor científico

Profesor de Biología

Este curso puede complementar tus conocimientos existentes y proporcionarte nuevas herramientas y ejemplos para enseñar conceptos de biología molecular y genómica. El conocimiento de bases de datos como NCBI y EBI, y el uso de herramientas como BLAST, pueden enriquecer tus clases y ayudarte a preparar a tus estudiantes para el futuro de la investigación biológica. Los aspectos prácticos del curso te pueden ayudar a preparar mejor a tus alumnos haciéndoles aplicar los conceptos a la práctica.

See salaries and explore the career path for Profesor de Biología

Reading list

We've selected two books that we think will supplement your learning. Use these to develop background knowledge, enrich your coursework, and gain a deeper understanding of the topics covered in HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS.

Máxima, un enfoque práctico

Save

Este libro proporciona una base sólida en los principios y métodos de la bioinformática. Es útil para comprender los algoritmos y las herramientas que se utilizan en el análisis de datos biológicos. El libro es particularmente valioso como referencia para comprender los fundamentos teóricos detrás de las herramientas prácticas que se enseñan en el curso, añadiendo profundidad a la experiencia de aprendizaje.

Maxima, un enfoque práctico (Spanish Edition)

Paperback

Maxima, un enfoque práctico (Spanish Edition)

Kindle Edition

HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS

What's inside

Learning objectives

Syllabus

Traffic lights

Save this course

Reviews summary

Curso práctico en herramientas bioinformáticas esenciales

Activities

Career center

Reading list

Share

Similar courses